(1)接通電源開關，PCR儀進入準備狀態;在顯示屏上記錄了當前PCR儀的溫度和蓋子(Lid)的溫度。若PCR儀正在運行時，須按“B”鍵(start/stop)，才能退出運行并返回準備狀態。  

(2)編寫程序段。在準備狀態下按“C”鍵(programs)進入編程狀態，選定一程序號，然后按“enter”鍵，進入下一程序;按“A”(list)鍵后，選一文件號(emptyprogram);再按“enter”鍵，進入下一程序;按“ABC”鍵，進入下一程序，用上下左右鍵號選擇一個字母(A、B、C、D、…)，然后按“enter”鍵，進入下一程序;按“nameok”鍵，完成文件命名。  

(3)設定蓋子的溫度。“lidtemp：℃”，蓋子的溫度一般比變性溫度要高10℃，例如變性溫度是95℃，那么蓋子的溫度就要設定為105℃。待蓋子預熱后按“enter”鍵，進入下一程序。  

(4)設定變性溫度、變性時間、延伸溫度、延伸時間、退火溫度、退火時間及循環總數等參數。從**步依次按“enter”鍵進入，用四個移位鍵移動設定位置。先設定溫度，后設定時間，全部參數設置完后，按“pgmok”鍵，所設定的程序自動被保存。  

(5)運行程序。檢查設定是否正確，按“start”鍵，選擇設定好的程序，開始運行。顯示屏上可觀察到系統運行的情況，按“Stop”可停止運行。