小動物CT是一種結合了影像學檢查無創性和組織學檢測高分辨率特點的技術，由于骨骼與其它身體組織在X射線衰減性能方面有相對明顯差別，因此Micro CT特別適合骨骼成像，骨骼參數的研究也是MicroCT的重要應用領域。 骨由骨質、骨膜、骨髓、骨的血管、淋巴管和神經構成。在Micro CT中，可對骨質部分進行深入的形態學分析和研究。骨質分密質和松質：骨密質配布于骨的表面，也稱皮質骨；骨松質由骨小梁排列而成，配布于骨的內部，骨小梁的排列與骨所承受的壓力和張力的方向一致，因而能承受較大的重量。骨髓腔和松質間隙內充填有骨髓。
借助影像處理軟件，可在小動物CT的掃描成像圖上選擇感興趣區域（region of interest，ROI）做閾值分割等操作，可以將皮質骨和松質骨進行分割，分別提取到不同組織區域，從而對皮質骨和松質骨（骨小梁）的各種形態學特性進行研究和分析，得到表征骨骼生長和發育水平的參數。
小動物CT是定量化的核醫學影像工具，為研究藥代動力學提供了無創方法。可在PET圖像中測量每個器官中的藥物濃度隨時間變化的曲線，因而能夠動態地、定量地從分子水平觀察藥物在活體內的吸收、分布、代謝、排泄等過程。可以觀測藥物是否穿越血腦屏障，是否有器官特異性的聚集，是否識別靶受體以及血漿與組織中藥物含量比值，適時監測動物生理、生化過程及各種藥物作用于疾病進程的效果。因此，小動物CT是預臨床領域*的必要工具。
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